Кто я и кто превратил меня в машину для убийства? Чтобы найти ответы на эти непростые вопросы, главный герой PROTOTYPE Алекс Мерсер должен выжить в кромешном аду жестоких сражений. Вы сможете взглянуть на мир глазами беспощадного мутанта, лишенного памяти и живущего одной лишь жаждой мести тем, кто превратил его в монстра. На вашем пути встанет множество препятствий, но ни одно из них не в силах остановить могущественного антигероя. Крушите, взрывайте, убивайте и доберитесь до истины любой ценой! 

В вашем распоряжении находятся поистине уникальные способности. Алекс не знает ничего о своем прошлом, но полностью владеет настоящим. Безжалостно уничтожая каждого, кто становится помехой, он присваивает его воспоминания и умения, становясь все более могущественным. Он — прототип бесчеловечного оружия, созданного неизвестно кем и непонятно, для каких целей. Сражаясь на два фронта — с профессиональными военными и инфицированными мутантами, герой с вашей помощью распутает заговор и заставит виновных сполна расплатиться по счету.

Байкерский клуб «Пропащие» — разношерстная банда воров, убийц и торговцев наркотиками, признающая лишь собственные правила, которые ставят согласие в братстве выше закона. У президента клуба Билли Грея с жизненными приоритетами все просто: байки, выпивка, женщины, наркотики. Второй человек в банде, Джонни Клебитц, чувствует, что дни свободы и бесшабашного веселья сочтены и возможности подняться в Либерти-Сити тают с каждым днем. Полный решимости сорвать большой куш, пока не настал «хеппи-энд», Джонни становится главным в клубе, в то время как Билли отбывает принудительное лечение от наркотической зависимости. Положив конец бесконечным разборкам и бессмысленному насилию, Клебитц не только устанавливает перемирие с «Ангелами смерти», главными соперниками «Пропащих», но и пытается наладить с ними деловые отношения, помогая занять нишу в криминальном мире Либерти-Сити. Однако есть проблема: Билли возвращается, и он стал еще безумнее, чем прежде…

Луис Лопес — человек, который умеет решать любые проблемы. Он же — правая рука и телохранитель легендарного Энтони Принса (Голубого Тони), так что на отсутствие проблем ему жаловаться не приходится. Вся гламурная тусовка города — от звезд-пустышек до несчастных светских львиц — собирается в двух лучших ночных клубах, которыми владеет Тони — признанный король ночной жизни Либерти-Сити. У него есть все: состояние, могущество, уважение. Однако долги ростовщикам, бандитам и налоговым службам быстро дают ему понять, что ничто не вечно. Луису предстоит спасти империю Принса от разрушения и оставить свой след в противоречивом мире упадка и изобилия, заботясь при этом о матери и стараясь не давать повода для сплетен о своей продажности. Вечеринка подходит к концу, и только Луис способен придумать, как ее продолжить.